软件介绍
SnapGene破解版是一款非常好用的生物分子DNA序列分析软件。在软件内,你可以通过它来设计模拟DNA的克隆过程,它可以将这一过程完美的复现并且还会自动修复错误问题,让你一次就可以获得成功!同时还将用户的每一步操作都具象化、可视化,让你可以直观的看到自己的工作进度。
SnapGene破解版还可以将用户的每一步操作都保留下来,并以图形历史的展现方式清晰的将每一个重要步骤的节点保留,回顾起来更加方便观看!它受国内各大高校以及多个制药公司的欢迎,有需要的小伙伴快来下载吧!
软件特色
1、In-Fusion 克隆
Clontech 的 In-Fusion 克隆技术是创建无缝基因融合的一种非常通用的方法。 SnapGene 是第一个模拟此程序的软件。 只需选择您想要融合的 DNA 片段,SnapGene 即可设计引物。
2、Gibson Assembly?
许多研究人员转向 Gibson 组装,在不使用限制性酶的情况下将片段插入质粒中。待连接的 DNA 片段通过 PCR 扩增以产生重叠的末端。SnapGene 简化了Gibson组装反应的计划,并自动化了引物设计。
3、限制性克隆
SnapGene 独特的限制克隆界面以干净的布局显示您需要的信息。克隆程序的规划从来没有这么简单过。如果你已经知道你想做什么,克隆模拟只需要几秒钟。如果克隆过程存在设计缺陷,则可以在模拟过程中捕获并纠正错误。
4、聚合酶链反应与诱变
设计引物后,它们可以用来模拟常规 PCR、重叠延伸 PCR 或诱变。得到的DNA序列文件可立即用于进一步操作。与限制克隆界面一样,以引物为中心的界面以直观的方式显示关键信息。
5、自动保存
SnapGene 最令人惊讶的是它自动记录了克隆项目中的步骤。每次编辑序列或模拟克隆、PCR 或诱变时,程序都会自动记录在图形历史中。在模拟 DNA 构建体的创建之后,您可以使用历史作为实验方案。
6、琼脂糖凝胶电泳
napGene 使用一种先进的算法来创建真实的琼脂糖凝胶模拟。限制性片段以三种形式显示:模拟凝胶、数值列表和序列图。您可以使用模拟凝胶计划诊断限制摘要,或将实际凝胶图像与预测模式进行比较。
7、酶位点
SnapGene 以清晰的方式突出限制位点,自动标记甲基化阻断的位点。简单的控制可以让你选择有用的酶组,比如“独特的切割器”,或者定义自定义酶组和首选供应商。信息工具提示提供关键数据。“限制酶”窗口显示了数百种商用酶的详细特性。
软件功能
一、想象
1、DNA可视化
查看DNA序列的多个视图。
地图 · 序列 · 酶 · 特征 · 引物 · 历史
自定义酶位点,特征,引物,ORF,DNA颜色等的显示。地图可以是圆形或线性格式。
2、大序列支持
浏览染色体大小序列。
查看 · 搜索 · 缩放
利用SnapGene的高效数据处理功能,扫描具有数千种注释功能的大型DNA序列。
3、蛋白质可视化
查看蛋白质序列的多个视图。
地图 · 序列 · 属性 · 特征 · 历史
自定义区域,站点,键和序列颜色的显示。
4、直观的序列编辑
轻松编辑DNA和蛋白质序列。
标准编辑 · DNA结束
进行插入,删除,替换和大小写更改。复制并粘贴序列时,会自动传输功能。
5、序列颜色编码
将选定的DNA或氨基酸序列设置为十种颜色之一。
给两条DNA链或蛋白质序列着色。颜色在Map和Sequence视图中都可见。
6、特征注释
自动注释常用功能,或手动注释新功能。
自动特征检测 · 手动特征注释
使用SnapGene广泛的数据库查找DNA序列中的常见特征。您选择的其他功能可以添加到自定义数据库
二、模拟
1、限制性站点指标
确认限制性网站适合克隆。
独特性 · 甲基化***性 · 特殊性质
以粗体显示独特的限制性位点,或选择自动定义的Unique Cutters或Unique 6+ Cutters酶组。
2、限制性克隆
可视化克隆过程的所有方面。
如果您已经考虑过程,则模拟只需几秒钟。如果克隆过程存在设计缺陷,则可以捕获并纠正错误。
3、PCR
模拟标准PCR。
使用您自己的引物,或要求SnapGene自动设计引物。产品文件在其历史记录中存储模板和引物。
4、重叠延伸PCR
通过重叠延伸PCR融合片段。
最多可组装八个片段。选择要连接的片段及其方向,SnapGene将设计引物。
5、引物定向诱变
使用诱变引物进行定点诱变。
选择诱变引物,按下按钮查看修饰的质粒。历史颜色突出了突变。
6、网关克隆
模拟网关BP克隆或lr克隆,或两者在同一时间。
为方便起见,提供了常见的供体向量和目的向量。选择要组装的片段,SnapGene将设计引物。
7、吉布森大会
通过融合多达八个片段或通过将多达八个片段插入向量来模拟Gibson Assembly。Gibson Assembly是一种流行的无缝克隆方法。
选择要融合的片段及其方向,SnapGene将设计引物。线性化的载体可以通过酶消化或反向PCR产生。
8、IN-FUSION 克隆
通过在向量中插入最多八个片段来模拟Clontech的In-Fusion克隆。In-Fusion克隆是一种非常通用的方法,可用于创建无缝基因融合。
选择要融合的片段及其方向,SnapGene将设计引物。线性化的载体可以通过酶消化或反向PCR产生。
9、TA和GC克隆
通过TA或GC克隆捕获PCR产物。
选择传统的TA克隆或高效GC克隆。
为方便起见,提供了常见的TA克隆载体和Lucigen的GC克隆载体。
10、退火Oligos
退火两个寡核苷酸形成双链产物。
使用简单的控件添加突出限制克隆。
三、避免错误
1、阅读基因融合的框架
确保构造中的已转换要素符合框架。
链接翻译 · 警告信息使用“序列”视图可以快速查看两个已翻译的要素是否在框架中。如果是这样,翻译链接在同一行。如果不是,则翻译在单独的行上。
2、与参考序列对齐
使用强大的对齐工具检查实际构造是否与模拟构造匹配。
四、自动录制
1、全面的“撤销”能力几乎撤消任何操作。
不要害怕尝试使用SnapGene文件 - 回溯您的步骤很容易。
2、历史和嵌入式祖先
查看构造的图形历史记录。
单击操作以突出显示亲本和产物序列的相关部分,或单击PCR引物名称以查看引物序列。
单击历史记录树中的祖先以重新生成该祖先序列文件,包括其注释和克隆历史记录。
3、历史色彩
使用可选的历史记录颜色来标识序列的最新更改。
详细了解构建体的组装方式,包括结扎的粘性末端。
五、有你的数据
1、安全文件管理
将SnapGene文件保存在所需的位置。
使用熟悉的安全操作系统来存储和整理SnapGene文件。
2、从其他格式导入
阅读许多常见的文件格式。
不仅可以导入DNA序列,还可以导入注释和注释。我们将继续开发进口商,以确保您不会被锁定为专有文件格式
3、导出为标准格式
将序列,地图或凝胶图像转换为标准格式,以便与其他软件一起使用。
将序列导出为GenBank或FASTA格式。将地图或模拟琼脂糖凝胶导出为常见的图像格式。
4、使用SnapGene Viewer共享数据
将SnapGene格式的文件发送给可以下载免费SnapGene Viewer的同事或客户。
只需将文件与链接一起发送到SnapGene Viewer即可。收件人将能够看到地图,序列和注释,就像在完整的SnapGene界面中一样。
六、转换文件格式
开放式信息交换至关重要,因此SnapGene和SnapGene Viewer提供了读取和导出常见文件格式的选项。
SnapGene破解版安装方法
1、在本站下载并解压,双击SnapGene.exe运行,选择安装路径,点击next
2、许可协议,点击i agree
3、现在安装附件,用户可以根据需求安装;
4、安装完成,点击finish即可。
SnapGene破解版使用说明
1、一般技巧
首先,在程序的每一步都要小心。从长远来看,这种方法可以节省时间。
确保DNA非常干净。当制备载体或切除待插入的片段时,从约2μg的DNA开始。
每次酶促反应后,用旋转柱纯化DNA。在40-45μl的10mM Tris(pH8.5)中洗脱DNA,然后进行下一步反应。(在用凝胶纯化DNA片段之前不需要使用旋转柱。)
为了最大限度地提高效率,请尽量减少程序中的步骤数。例如,将钝端片段克隆到钝性载体位点(例如SmaI位点)比将其用Klenow或T4 DNA聚合酶钝化的位点更好。
如有疑问,用凝胶纯化DNA片段。更清洁的起始材料将产生更好的结果。
2、准备矢量
限制性克隆最常见的问题是在手术后恢复起始载体。该问题有两个原因:载体的不完全消化,以及切割载体与其自身的重新连接。下面描述的技巧将最大限度地减少这些影响。
确保载体的消化完成。使用过量的限制酶(约20 U,2μgDNA),消化约4小时。如果载体需要用两种具有不同最佳反应缓冲液的酶切割,则依次进行消化,并在其间进行旋转柱纯化。
消化载体(并且如果合适的话钝化),用磷酸酶处理:在37℃下1小时处于5'突出端,或者如果DNA具有任何平末端或3'突出端则在50℃处理1小时。
用旋转柱除去磷酸酶。通常不需要对载体进行凝胶纯化,因为磷酸酶处理会使产生的任何额外DNA片段失活。
3、使用载体
确保消化和磷酸酶反应完成。彻底和反复地涡旋混合物,并且不允许任何液滴逃脱酶处理。在涡旋后短暂旋转以确保管侧没有留下液滴是个好主意。